V niektorých rokoch sa stáva, že o úrodu zeleniny dopestovanú na zimné uskladnenie prídeme aj napriek tomu, že jej počas vegetácie venujeme rovnakú starostlivosť ako v každom inom roku. O kvalite uskladnenej zeleniny rozhodujú okrem poveternostných podmienok v priebehu vegetačného obdobia aj podmienky skladovania.
Najvážnejšou chorobou skladovanej koreňovej zeleniny je biela skleróciová hniloba, ktorú zapríčiňuje hľuznatka obyčajná (Sclerotinia sclerotiorum). Je to pôdna huba, ktorá má široký okruh hostiteľských rastlín a aj počas vegetácie môže byť príčinou hnilôb nielen koreňovej zeleniny, ale tiež strukov fazule, plodov uhoriek, rajčiakov a pod. Je tiež jedným z pôvodcov vädnutia rastlín. Napadnutá koreňová zelenina sa pokrýva bielym hubovým povlakom a vnútorný obsah koreňov sa postupne mení na páchnucu kašovitú hmotu. V podhubí sa tvoria tmavosivé až čierne, 2-5 mm veľké tvrdé útvary, tzv. skleróciá. Tieto pretrvávajú v pôde aj niekoľko rokov. V pôde sa nachádzajú aj kúsky podhubia, ktoré sa do skladu dostanú so zeminou. Pri skladovaní môže dôjsť k napadnutiu predovšetkým poškodených koreňov, ktoré vznikajú najčastejšie pri namrznutí (náhly mráz alebo oneskorený zber). Príčinou hniloby môžu byť aj zlé podmienky skladovania, najmä nadmerná vlhkosť, ale aj uskladnenie v použitom piesku so zvyškami starej zeminy. Dezinfekcia skladovacieho priestoru alebo aspoň výmena piesku, prípadne jeho prežiarenie slnkom počas leta, sú veľmi dôležitými opatreniami. Potrebné je aj dodržiavanie vhodnej teploty skladovania (2-5 0C) a vetranie, aby sa vzdušná vlhkosť pohybovala pod 90 %.
Ďalšou nebezpečnou chorobou je aj mokrá hniloba koreňov, ktorej pôvodcom je baktéria Erwinia carotovora. Do rastlín sa najčastejšie dostáva cez poranenia. Napadnuté pletivá mäknú, hnijú, menia sa na slizovitú žltkastú masu. Rozvoj choroby podporuje vysoká teplota a nadmerná vlhkosť pri skladovaní.
Na koreňoch skladovanej zeleniny sa niekedy objavujú čierne škvrny s tmavosivým až čiernym povlakom, ktoré vyzerajú na priereze koreňom ako zuhoľnatené a vo vlhkom prostredí môžu prejsť do hniloby. Táto choroba sa nazýva čierna hniloba mrkvy a zapríčiňuje ju huba Stemphylium radicinum.
Rizoktóniovú hnilobu mrkvy zapríčiňuje koreňomorka fialová (Rhizoctonia violacea), ktorá okrem mrkvy poškodzuje aj iné druhy koreňovej zeleniny, repu, zemiaky ai. Počas vegetácie sa prejavuje hnedosivými podkožkovými škvrnami, ktoré sa prehlbujú a pokrývajú korene hnedofialovým povlakom s drobnými skleróciami huby. Choroba sa prejavuje najmä pri skladovaní, kedy sa k infekcii pridružujú aj ďalšie mikroorganizmy a korene hnijú.
Ochrana proti uvedeným chorobám spočíva v prevencii (striedanie plodín, správna agrotechnika, dôsledné vytriedenie zeleniny pred uskladnením), dezinfekcii skladovacích priestorov a dodržaní vhodných podmienok skladovania.
Pri zbere mrkvy sa často stretávame s koreňmi poškodenými drobnými chodbičkami, v ktorých niekedy môžeme nájsť larvu alebo kuklu. Poškodenie koreňov zapríčiňujú larvy drobnej mušky vŕtavky mrkvovej (Psila rosae). Väčšie požerky spôsobujú drôtovce - larvy chrobákov kováčikov.
Vŕtavka mrkvová je rozšírená po celej Európe. V niektorých rokoch môže spôsobiť vážne straty na úrode mrkvy, prípadne aj inej koreňovej zeleniny (petržlen, zeler). Poškodené korene pri uskladnení často hnijú. Škodcovi sa najviac darí v tienistých pridomových záhradkách s vlhkou pôdou. Pri veľkovýrobnom pestovaní na poliach býva percento poškodenia nižšie.
Škodca má dve generácie do roka. Muchy prvej generácie vyletujú na jar, keď sa pôda prehreje na 15-17 0C, väčšinou v prvej polovici mája. Samičky kladú vajíčka do blízkosti koreňového kŕčika mladých rastlín. Larvy sa zavrtávajú do koreňov. Kuklia sa v nich alebo v pôde. Prvá generácia nebýva početná, poškodené mladé rastlinky väčšinou uhynú a spadajú do jednotenia porastu. Nebezpečnejšia je druhá generácia, ktorej dospelci lietajú koncom júla až začiatkom augusta. Larvy tejto generácie neukončujú svoj vývoj pred zberom a zostávajú v poškodených rastlinách na stanovišti alebo ho ukončujú v skladoch a hrobliach.
Na chemické ošetrenie sú povolené granulované prípravky Basudin 10 G a Diazinon 10 G, ktoré sa aplikujú pri sejbe do riadkov. Nemôžu sa používať na plochy určené na skorý zber.
