Rajčata jsou velmi často napadána chorobami, především plísní bramborovou (Phytophthora infestans) a botrytidou (Botrytis cinerea). Pěstitelé se obvykle začínají pídit po vhodných fungicidech teprve když choroby začnou ohrožovat výnosy.
Fungicidy je však třeba používat preventivně a hlavně - napadení je třeba předcházet správnými pěstitelskými podmínkami, především větráním a hygienou. Fytoftora se nejrychleji šíří při teplotách 18 - 22 oC a relativní vlhkosti nad 90 %. Způsobuje na starších listech, výhonech a na plodech šedozelené, později hnědé skvrny, které se rychle šíří. Na spodní straně listů je za vlhka vidět šedobílý plísňový povlak, na plodech napadená místa tvrdnou a krabatí. Plody se nerozpadají, protože fytoftora nevytváří žádné enzymy, které by rozkládaly stěny buněčné. Nenapadá jen rajčata, ale také brambory a lilky; paprika, příslušník téže čeledi lilkovitých, zůstává však ušetřena. Roubovaná rajčata, která jsou v prodeji, jsou sice rezistentní k viru tabákové mozaiky, háďátkům a kořenovým houbovým chorobám jako je Fusarium, Verticillium a korkovatění kořenů (Pyrenochaeta lycopersici), nikoliv však k fytoftoře. Citlivost k fytoftoře přitom do určité míry závisí na odrůdě. Odolávají spíše robustní odrůdy, např. 'Master'.
Hlavní zásady prevence proti fytoftoře u drobných pěstitelů:
* Zastřešovat rostliny jen proti dešti a ve skleníku uzavírat nanejvýše jednu stranu
* Rajčata nepěstovat v sousedství brambor
* Střídat plodiny
* Zajistit důkladné základní hnojení (hnojem, kompostem, komplexním minerálním hnojivem)
* Nevysazovat rostliny příliš blízko sebe, nejlépe 2 - 3,6 rostlin/m2
* Rostliny zbavovat starších listů a listů napadených
* Napadené části rostlin ihned odstranit a spálit.
V období s nepříznivým počasím je vhodné rostliny preventivně stříkat fungicidy. Švýcarské brožury doporučují přípravek Cupromaag (obsahující měď) a Pirox (obsahující síran měďnatý). Jejich aplikace se však řídí počasím, což znamená určitou obtíž.
Hlavní zásady prevence proti botrytidě:
Botryris cinerea je všudypřítomná houba, která napadá celou řadu rostlin. Rajčata napadá především při pěstování ve sklenících a fóliovnících, kde nachází optimální tepelné podmínky a potřebnou vysokou vlhkost. Poraněné listy a stonky a odumírající rostlinné části jsou živnou půdou, odkud se houba může někdy rozšířit i na zdravé části rostlin. Z místa infekce houba prorůstá do stonku, kde vytváří hnědé skvrny a postupně zcela naruší proudění rostlinných šťáv. U malých zelených plodů může houba vnikat i do průduchových otvorů. Zpočátku nevniká do dužniny plodu, jakmile však plod dozrává, prorůstá houba pomalu dovnitř. Tak vznikají nejdříve běložluté povrchové skvrny a teprve při pokračujícím napadení se vyvíjí typický viditelný šedý plísňový povlak. Botritydu lze udržet v šachu snáze než fytoftoru; ve vhodných pěstitelských podmínkách by neměla být problémem.
V mladém stavu se obě zmíněné houbové choroby nedají vždycky bezpečně rozeznat. Protože však obě vyžadují ke svému rozvoji především vlhké prostředí, prevence proti oběma je v podstatě stejná: rostliny rajčat shora zastřešit nebo uzavřít jen jednu stranu skleníku či fóliovníku a pravidelně odstraňovat staré a napadené listy i části rostlin.
