Černou hnilobu mrkve způsobuje houba Alternaria radicina (syn. Stemphylium radicinum). Vyskytuje se ve většině oblastí, kde se pěstuje mrkev a způsobuje výrazné ztráty jak na poli, tak především při skladování.
V průběhu vegetace způsobuje černé nekrotické skvrny na listových řapících a na kořenech. Při optimálních podmínkách se skvrny rozšiřují, spojují a jsou příčinou celkového kolapsu rostlin a hniloby skladovaných kořenů. Houba může také způsobovat padání semenáčků a poškozovat listy a okolíky. Infekce okolíků má pak za následek nejen snížení výnosu semen, ale i produkci infikovaných semen, která jsou základním zdrojem šíření choroby, a to i na značné vzdálenosti. V půdě původce choroby přetrvává mnoho let. Zdrojem infekce skladovaných kořenů jsou kořeny infikované již za vegetace. V průběhu skladování se pak patogen šíří z těchto kořenů na kořeny, které byly sklizeny jako zdravé. Protože houba může růst i při teplotě 0 oC, jedná se o velmi nebezpečného původce skládkových hnilob. To dokazují i údaje, které uvádějí, že v současnosti je v Evropě a Asii černou hnilobou napadáno 0,5 až 50 % skladovaných mrkví. Ochrana proti této chorobě je značně komplikovaná a málo účinná. Určitá naděje je však ve vhodném výběru odrůd. Ačkoliv doposud nebyla zjištěna žádná vysloveně imunní odrůda, na Kalifornské univerzitě v |Davisu (USA) zjistili značnou odolnost u odrůd‚ ’Caro-pak’, ’Caro-spike’ ‚’Six-pak II’‚’Orange-strike’ (typ Imperator)‚ ’Panther’ a ’Jaguar’ (typ Chantenay). Z hodnocených odrůd pak byly značně náchylné odrůdy ’Royal Chantenay’‚’Red-cored Chantenay’ (typ Chantenay), ’Scarlet Nantes’ (typ Nantes), ’Nogales’ a ’Orlando Gold’ (typ Imperator).
