Závlahová voda se odebírá z vodních toků a většinou i z vodohospodářských nádrží. Tato voda je obvykle znečištěna cizorodými látkami různého původu – organické a anorganické chemické látky a bakterie. Mnohé z těchto látek jsou zdravotně závadné, takže nepříznivě ovlivňují jakost plodin a zvyšují obsah rizikových látek. Obsah cizorodých látek v závlahové vodě je velmi variabilní. Závisí jak na průtokových poměrech v toku, tak na vnějších vlivech (havarijní situace v povodí…).
Závlahová voda podléhá ČSN 75 7143 (Jakost závlahové vody). Její použití je závislé na jednotlivých třídách zařazení:
I třída: do této třídy spadají vody vhodné k závlaze všech zemědělských a lesních kultur bez jakéhokoliv omezení
II třída: sem patří vody podmíněně vhodné k závlaze. Zde je použití podmíněno dodržováním zvláštního opatření. Stanoví se pro každou závlahovou stavbu zvlášť s ohledem na stupeň a charakter znečištění závlahové vody, místní podmínky, způsob závlahy, druh zavlažované plodiny, fyzikálně-chemické vlastnosti půdy… Voda z této třídy podle mikrobiologických a parazitologických vlastností musí dodržovat následná opatření:
a) Ochranné lhůty mezi poslední závlahou a sklizní, vyškolkováním sazenic. Lhůty jsou stanoveny v závislosti na druhu plodiny nebo kultury. Pro všechny druhy zeleniny, které je možno konzumovat neloupané v syrovém stavu je třeba je před konzumací omýt. Pro všechny druhy ovocných stromů a keřů v případech, že se z nich sklízí ovoce je 21 dní. Pro ostatní plodiny, okrasné dřeviny a květiny jsou 14 dní.
b) Pásma hygienické ochrany. Postřikem se nesmí zavlažovat blíže než 50 m od souvislé bytové zástavby, blíže než 25 m od železnice, komunikací I. a II. třídy a nevodárenských toků a blíže než 10 m od komunikací III. třídy.
III. třída: vody nevhodné k závlaze. Tyto vody jsou použitelné pro závlahu buď jen po takové úpravě, kterou získají kvalitu I. nebo II. třídy čistoty ve smyslu ČSN 75 7143 nebo podle zásad pro závlahou odpadními vodami a kejdou.
Podzemní vody, které splňují požadavky na pitnou vodu podle ČSN 75 7111 Pitná voda, není třeba klasifikovat. Pokud se závlaha provádí kapkovou závlahou nebo mikropostřikem, je zapotřebí další rozbor závlahové vody, který sleduje zejména obsah plavenin ve vodním zdroji, jejich velikost i obsah některých dalších látek rozpuštěných ve vodě. Tyto doplňkové rozbory jsou podkladem pro návrh systému filtrů zařazených do trubní sítě před zavlažovačem.
