Rajče (podobně jako brambor) je napadáno celou řadou chorob a to virových, bakteriálních, ale zejména houbových. Výnos a kvalita plodů závisí na mnoha rozličných faktorech (např. dodržování agrotechnických lhůt, správné osevní postupy, harmonická výživa, výběr odrůdy, počasí), ale také na napadení rostlin chorobami a škůdci.
Nejškodlivější virovou chorobou je bronzovitost rajčete (způsobuje ji virus bronzovitosti rajčete – TSWV), jedná se o karanténní chorobu a její výskyt (i podezření) je nutno nahlásit příslušnému obecnímu úřadu a státní rostlinolékařské službě. Virus napadá široké spektrum rostlin, ze zelenin zejména rajče, papriku, salát a hrách.
Příznaky napadení rostliny tímto parazitem jsou obecně velmi variabilní (záleží na hostitelské rostlině). U rajčete se tato choroba vyznačuje malými oranžovými skvrnami na listech, které se posléze zbarvují do bronzova. Na zelených plodech se objevují žluté skvrny, jež jsou u zralých plodů zřetelnější. Mohou se vyskytnout také deformace plodů. Patogen šíří dospělci i larvy třásněnek, zejména třásněnky západní (Frankliniella occidentalis).
Základem ochrany proti této viróze je pravidelná kontrola rostlin, napadené jedince zavčas odstraňujeme a likvidujeme, nejlépe spálením. V případě pěstování náchylných odrůd je vhodná ochrana proti vektorům (třásněnkám) použitím některého ze povolených insekticidů (např. Actellic 50 EC, Sumithion Super).
Z bakteriálních chorob je nejzávažnější bakteriální vadnutí rajčete způsobené Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis (syn. Corynebacterium michiganense). Také se jedná o karanténní chorobu, napadající rostliny z rodu Solanum, zejména skleníkové porosty rajčat.
Primárním příznakem je náhlé vadnutí jednotlivých lístků na jedné straně lichozpeřených listů (tzv. unilaterální vadnutí), které následně usychají a hnědnou. Poté vadnou a usychají celé listy, jednotlivé lodyhy a nakonec celé rostliny. Pokud rozřízneme lodyhu je viditelné zhnědnutí cévních svazků, při stisknutí lodyh vytéká bakteriální sliz. Uvnitř plodů (pronikne – li do nich patogen svazky cévními) se mohou tvořit dutiny. Někdy se na povrchu plodů objevují hnědé skvrny se světlým dvorcem, tzv. ptačí oka. Bakterie může přezimovat v napadených posklizňových zbytcích (2 – 3 roky), ale šíří se zejména semeny a mechanicky šťavou (při vyštipování postranních výhonů).
Nejlepším preventivním opatřením je používat kvalitní osivo, prosté nákazy. Vhodné je také získávat semena kvašením plodů a následně ošetřit 3 % roztokem kyseliny vinné. V zahraničí jsou povoleny postřiky antibiotiky, velmi dobrý baktericidní účinek mají fungicidy na bázi mědi, cínu a dialkyldithiokarbamidany (např. Thiram – TMTD).
Vadnutí a žloutnutí listů je také příznakem některých houbových chorob, způsobených např.Verticillium albo – atrum, V. dahliae, Fusarium oxysporum a Didymella lycopersici (rakovina rajčete). Ochranou proti těmto chorobám je pěstování odolných odrůd (např. ´Eskort´, ´Semarol´ – keříčková rajčata rezistentní vůči fuzariovému i veticilliovému vadnutí, z tyčkových pak např. ´Marfa´ F1, ´Aranca´ F1) a dodržování osevního postupu.
Asi nejzávažnější chorobou napadající polní porosty je plíseň na rajčeti, kterou způsobuje houba Phytophthora infestans z třídy Oomycetes. Za příznivých podmínek, patogen pro zdárnou infekci vyžaduje ovlhčení listů (spory klíčí v kapce vody) alespoň 4 hodiny a minimální teplotu 10° C, se od července objevují vodnaté skvrny, které se rychle šíří (zasahují listy, lodyhu i plody) a později hnědnou. Za vlhkého počasí se na spodní straně napadeného listu může objevit bílý povlak reprodukčních orgánů houby. Napadená pletiva postupně odumírají. Houba přezimuje v bramborových hlízách a napadených rostlinných zbytcích.
Prevence výskytu choroby spočívá v dodržování osevního postupu (odstup 4 roky), důsledné likvidaci posklizňových zbytků, umísťování porostů rajčat na osluněné lokality. V neposlední řadě je také důležité zálivku neprovádět na noc (dlouhé ovlhčení listů). K chemické regulaci lze využít jak fungicidy kontaktní (Kuprikol 50, Novozir MN 80), tak i přípravky působící systemicky (např. Acrobat MZ, Ridomil Gold MZ 68 WP), které je vhodné střídat, protože tak oddálíme vznik rezistence patogenu. Měďnaté přípravky (Kuprikol 50, Champion 50 WP) zpomalují dozrávání plodů. Nutná je preventivní ochrana (přibližně od druhé poloviny června), dle signalizace. Houbě vyhovuje deštivé počasí a střídání teplot.
Hnědou (alternariovou) skvrnitost způsobuje houba Alternaria solani, která mimo rajčete napadá také brambor. Patogen způsobuje na listech (od poloviny léta) velké, nepravidelné tmavohnědé skvrny s typickými koncentrickými kruhy. Napadení stonku je příčinou jeho lámání. Houba, na rozdíl od septoriové skvrnitosti (Septoria lycopersici), napadá také plody, kde způsobuje tmavé, vpadlé skvrny.
Parazit přezimuje ve formě podhoubí (mycelia) a výtrusů na posklizňových zbytcích napadených rostlin a osivu. Během vegetace se šíří větrem a deštěm, vyhovuje mu teplé (teploty nad 22 °C) a vlhké počasí.
Nejdůležitějším preventivním opatřením je používání zdravého osiva (moření), vhodný osevní postup, izolace od porostů brambor. K chemickému ošetření používáme povolené fungicidy (např.Rovral FLO, Rovral 50 WP, ale také Bravo 500 a Dithane DG které působí zároveň na plíseň bramborovou), postřik provádíme 2 – 3x v 7 – 10 denních intervalech.
Poslední závažnou chorobou, zejména skleníkových rajčat je čerň rajčatová způsobená houbou Fulvia fulva (syn.: Cladosporium fulvum). Škody způsobuje především ztrátou asimilační plochy, tzn. listů na kterých jsou z horní strany patrné žluté skvrny a na rubové straně se objevuje typický sametově olivově hnědý povlak houby. Listy schnou a opadávají. Patogen přežívá v půdě (až 10 měsíců) na napadených rostlinných zbytcích nebo konstrukci skleníku. Pro infekci potřebuje houba minimálně 20 °C a 75% relativní vzdušnou vlhkost.
Prevencí onemocnění je pěstování rezistentních odrůd (např. ´Alambra´ F1, ´Aranca´ F1, ´Marfa´ F1, ´Creon´ F1 – uvedené jsou rezistentní vůči 5 patotypům černě) a zabránění delšímu ovlhčení listů (nejlépe kapková závlaha). Je možné také fungicidní ošetření.
Nejvýznamnější fyziologickou chorobou je suchá fyziologická nekróza plodů. Prvotními příznaky je zesvětlání slupky na špičce plodu, později vzniká hnědá nebo černá propadlá skvrna, která posléze může podléhat hnilobě nebo je její povrch napadán různými parazitickými černěmi. Předpokladem jejího vzniku je nedostatek přístupného vápníku, zejména při déletrvajícím suchu nebo vysoké vlhkosti vzduchu. Svou roli také sehrává rovnoměrná závlaha a hnojení, zejména dusíkem. Při větším výskytu takto poškozených plodů je nutno aplikovat vápenatá hnojiva (např. Kalkosan, Kalkosol, Wuxal SUS Kalcium, Campofort Garant Ca), tzv. na list a uplatnit taková agrotechnická opatření (rovnoměrná závlaha) abychom jejímu výskytu předešli.
Na závěr je ještě možné se zmínit o další poruše způsobené abiotickým faktorem, která se v roce 2003 vyskytovala poměrně často a to jak u rajčat, tak i u paprik a okurek. Je jí popálení (úžeh) listů, plodů. Způsobuje ji nadměrná expozice plodů na slunci, příp. vysoké teploty při špatném větrání skleníku. Ochranou proti tomuto problému je pěstování odrůd s dobrým olistěním a zajištění kvalitního větrání.
