Tak jako ostatní organismy, tak i rostliny jsou vůči chorobám nejnáchylnější především v prvních fázích svého života. Jsou napadány nejen patogeny, které pocházejí z jejich okolí, tzn. zejména z půdy a z rostlinných zbytků v půdě obsažených, ale i patogeny, které jsou přenášeny rozmnožujícími orgány, tj. semeny nebo sadbou. Většina příznaků napadení rostlin ve fázi klíčení nebo vzcházení je označována pojmem „padání klíčních rostlin“.
Pod tímto pojmem se rozumí komplexní dispoziční onemocnění klíčních rostlin, na němž se může podílet větší počet parazitních nebo příležitostně parazitních mikroorganismů. Nejčastěji jsou to následující mikroskopické parazitní houby: Phytophthora spp. (např. P. cactorum, P. capsici, P. cinnamomi, P. nicotianae aj.), Pythium spp. (např. P. debaryanum , P. ultimum, P. aphanidermatum), Sclerotinia sclerotiorum, Botryotinia fuckeliana (anamorfa Botrytis cinerea), Fusarium spp., Thanatephorus cucumeris (anamorfa Rhizoctonia solani), Leptosphaeria maculans (anamorfa Phoma lingam), Moniliopsis aderholdi, Thielaviopsis basicola, Alternaria spp., Olpidium brassicae, popř. i některé další. Kromě těchto polyfágních mikroorganismů se na padání někdy podílejí i monofágní nebo oligofágní mikroorganismy, jako např. Botrytis allii (syn. B. aclada) u cibule kuchyňské, Didymella lycopersici u rajčete nebo Sclerotinia minor u salátů. Uvedené houby napadají rostliny buď jednotlivě nebo i dvě i více současně. Z infikovaných pletiv jsou často izolovány i některé druhy bakterií, především z rodu Erwinia nebo i Pseudomonas. Ve většině případů však se jedná až o sekundární infekce, kdy primárním agens je buď infekce mikroskopickou houbou nebo mechanické poškození (např. poškození půdními škůdci nebo nevhodnou kultivací).
Příznaky infekce
Nejčastějším příznakem padání klíčních rostlin je vodnatění, později hnědnutí či černání a nakonec nekróza kořenových krčků. V místě napadení se rostlina zužuje a napadená rostlina se sklání k zemi („padá“) a hyne. K hynutí rostlin dochází většinou v ohniscích, která se postupně zvětšují. Mezi „padání“ jsou však zahrnovány i některé další příznaky, jako je nekróza a úhyn klíčků ještě v půdě (před vzejitím), hniloby kořenů nebo nekrózy a následný úhyn nadzemních částí hypokotylů. Příznaky a taktéž okruh hostitelských rostlin je často odvislý od druhu parazitické houby. Např. primitivní jednobuněčná houba Olpidium brassicae napadá především brukvovité zeleniny, okurky, rajčata a salát. Brukvovité zeleniny, okurky, rajčata, ale i papriky často napadá i Moniliopsis aderholdi. Houba Pythium aphanidermatum je v našich podmínkách nejčastější příčinou „vadnutí“ rychlených okurek. Úhyn klíčků ještě před vzejitím způsobují především houby z rodu Alternaria a Moniliopsis aderholdi. Houba Leptosphaeria maculans je nejčastěji příčinou tzv. „černé nohy“ u brukvovité zeleniny.
Zdroje infekce
Hlavním zdrojem infekce mladých rostlin je půda. Avšak některé mikroorganismy se přenášejí i osivem a to buď na jeho povrchu (povrchová kontaminace) nebo uvnitř semen (v klíčku nebo endospermu). K osivu přenosným chorobám patří např. alternáriová skvrnitost brukvovitých (původci Alternaria brassicae a A. brassicicola), plíseň salátu (Bremia lactucae), plíseň a skvrnitost listů špenátu (Peronospora effusa f. sp. spinaciae), černá hniloba a alternariová skvrnitost listů mrkve (Alternaria radicina a A. dauci), septoriová skvrnitost celeru (Septoria apiicola), krčková hniloba cibule (Botrytis allii), hnědá skvrnitost a černá hniloba rajčete (Alternaria solani a Didymella lycopersici), hnědá strupovitost hrachu (Ascochyta pisi, Phona pinodella, Mycosphaerella pinodes), antraknóza fazolu (Colletotrichum lindemuthianum) a kořenová spála a vadnutí luskovin (více původců). Padání celkově podporuje zvýšená vzdušná vlhkost (skleníky, fóliovníky), vyšší půdní vlhkost, nedostatek světla (zimní nebo husté výsevy) a vyšší teploty vzduchu i půdy. Největší škody jsou způsobovány při předpěstování sadby a to nejčastěji do fáze dvou až čtyř pravých listů. Avšak za určitých půdních a klimatických podmínek je padání vážným problémem i u přímých polních výsevů. Většina výše uvedených původců padání je schopna přežívat v půdě saprofyticky a teprve za vhodných podmínek a v přítomnosti hostitelských rostlin přecházejí na parazitický způsob života. V případě S. sclerotiorum, S. minor a v menším rozsahu i B. fuckeliana nebo T. cucumeris mohou houby přežívat i ve formě sklerocií.
Ochrana rostlin
Ochranou před padáním klíčních rostlin je dodržování preventivních opatření. Sadbu je třeba pěstovat v prostředí s dostatkem světla, s nepříliš vysokou teplotou a pouze s přiměřenou zálivkou. Výsevy nesmějí být příliš husté a hluboké. Pěstební substráty musí být kvalitní, nejlépe tepelně nebo chemicky dezinfikované. Při tepelné (termické) dezinfekci, která se nejčastěji provádí propařováním, je třeba, aby celý dezinfikovaný profil substrátu či zeminy byl minimálně po dobu 30 minut vystaven teplotě vyšší než 90 °C. Toto ošetření je energeticky a ekonomicky značně náročné a kromě toho je třeba počítat s tím, že po termické desinfekci v půdě razantně stoupne obsah rostlinám přijatelného dusíku a manganu, který většinou působí fytotoxicky. K chemické dezinfekci zeminy a substrátů je nejúčinnější přípravek Basamid granulát s účinnou látkou dazomet. Jedná se o totální biocid, který účinkuje jak proti půdním patogenním houbám, hmyzím škůdcům a půdním háďátkům, tak i proti plevelům. Aplikační dávka je 20 až 60 g/m2 nebo 200 g/m3. Jeho kvalitní účinek je však podmíněn několika dalšími faktory, které je třeba splnit. Aplikace přípravku na plochu nebo do objemu substrátu musí být co nejrovnoměrnější. Po povrchové aplikaci musí být přípravek co nejdříve rovnoměrně zapraven do hloubky 15 až 20 centimetrů, nejlépe pomocí rotavátoru. Aby došlo k uvolnění účinné látky v co nejkratším časovém intervalu, je třeba zeminu nebo substrát důkladně zalít a aby účinná látky nevyprchala z půdy bez většího účinku, je vhodné ošetřenou zeminu nebo substrát překrýt na několik dní fólií. Takto ošetřený substrát je však po určitou dobu toxický pro všechno živé, tzn. i pro rostliny. Proto mezi ošetřením a výsevem či výsadbou je třeba dodržet určitou dobu, která je závislá na teplotě půdy, její struktuře a obsahu humusu. K určení délky této doby výrobce dodává tabulku, avšak přesnější je tzv. řeřichový test. Kromě totálního biocidu Basamid granulát je možné použít i fungicidní přípravky na bázi captanu (Captan 50 WP, Merpan 80 WG nebo Merpan 50 WP) nebo přípravek Previcur 607 SL, který však má jen úzké spektrum účinku, v případě půdních hub prakticky jen na houby z rodů Phytophthora a Pythium. Z biofungicidů je možné použít přípravek Supresivit, jehož účinným agens jsou spory houby Trichoderma harzianum. Buď se aplikuje ve formě zálivky (1 až 2 g/m2) nebo se zapravuje do substrátu v dávce 30 g/m3. Vhodným způsobem (např. Savo, Chloramin, sirné knoty) by mělo být dezinfikováno i používané nářadí, nádoby a prostory. Vysévané osivo musí být vysoce kvalitní, nejlépe i namořené vhodnými fungicidními přípravky. Avšak zde jsou v současnosti možnosti značně omezené, což mimo jiné i negativně ovlivňuje konkurenceschopnost našich producentů osiv v porovnání se zahraničními producenty. Osivo brukvovitých druhů zeleniny, mrkve, petržele, pastináku, celeru a okurek, je možné mořit přípravky Captan 50 WP nebo Merpan 50 WP a osivo hrachu přípravky Maxim XL 035 FS, Vitavax 200 WP nebo Vitavax 2000. U všech druhů zeleniny je možné mořit osivo biofungicidem Supresivit (2 g/kg osiva). Kromě moření osiva chemickými, resp. biologickými přípravky je teoreticky možné ošetřovat (mořit) osivo i termicky. Zde však je velké nebezpečí, že buď použitá teplota je neúčinná a nebo zničí klíčivost osiva, protože rozmezí mezi teplotou potřebnou a škodlivou je třeba jen ve zlomku stupně. Přitom nezáleží jen na výši teploty, ale i délce expozice nebo zda se teplota zvyšuje náhle nebo postupně. Na výši použité teploty reagují různě nejen jednotlivé botanické druhy, ale i jednotlivé odrůdy a dokonce i jednotlivé partie osiva. Pokud se jedná o moření sadby, u zeleniny přichází v úvahu pouze moření stroužků česneku před výsadbou 0,6 a 0,8% suspenzí přípravku Rovral Flo. Připravenou suspenzi nelze použít druhý den ani opakovaně. Není-li možná okamžitá výsadba, může se skladovat maximálně šest dnů, avšak v teplotě 1 až 4 °C .