Častou příčinou nízkých výnosů a krátké životnosti porostů maliníku na zahrádkách a plantážích je špatný zdravotní stav, který často začíná už u sazenic. Snad žádný druh není tolik napadán virovými a fytoplazmózními chorobami, jako maliník.
V Evropě je u maliníku popsáno a testováno čtrnáct viróz a jedna fytoplazmóza. Jsou přenosné vegetativním rozmnožováním a roubováním. Většina původců chorob má také své přenašeče (vektory), kteří virus nebo fytoplazmu šíří. Nejčastějšími přenašeči těchto chorob jsou mšice, háďátka a křísy. Jeden virus - virus keříčkovité zakrslosti maliníku - je přenosný pylem a semeny. Z hlediska přenosu virových chorob je zvláště významná mšice maliníková Amphorophora idaei. Přezimuje jako vajíčka na výhonech. Okřídlení jedinci se vyskytují v první jarní generaci a v té době je také největší šíření viróz. Ochrana je proto zaměřena na dobu vegetačního klidu a rašení, kdy je potřeba aplikovat přípravky určené pro předjarní ošetření ovocných plodin. Za vegetace lze použít kterýkoliv přípravek proti mšicím za předpokladu dodržení ochranné lhůty.
Z virových chorob přenosných mšicemi je nejvíce rozšířena mozaika maliníku (RMD), je vyvolána komplexem virů. Větší škody způsobuje na maliníku a menší na ostružiníku. U většiny odrůd se tyto viry vyskytují v latentní formě a pouze dva z nich se mohou projevit jako skvrny na listech v okolí nervatury, u některých odrůd až velkými chlorotickými skvrnami. Na rostlině dochází ke zkrácení délky a tloušťky výhonů, k deformaci pylu a vaječné buňky (proto jsou plody menší, deformované a předčasně dozrávají). Všechny viry tohoto komplexu lze diagnostikovat roubováním za zelena na indikátorové rostliny.
Jediná choroba fytoplazmatického původu maliníku, pojmenovaná zakrslost maliníku fytoplazma (FLO), přenosná křísi, je v České republice široce rozšířena na planých druzích rodu Rubus L., na zahradním maliníku i ostružiníku. Hlavním příznakem je prorůstání mnoha slabých a krátkých výhonů. Na květech lze pozorovat phylodii (přeměnu květních orgánů v orgány podobné zeleným listům) a proliferaci (prorůstání listy). Plody jsou malé a deformované. Viry a fytoplazma jsou často rozšiřovány infikovaným rostlinným materiálem. Proto je důležité vysazovat zdravou a uznanou sadbu nebo odrůdy považované za odolné virům nebo mšicím. Mělo by být pravidlem, že matečné rostliny pro produkci sadby maliníku jsou testovány na bylinných indikátorech nebo metodou ELISA.
Státy, které zlepšují odrůdovou skladbu maliníku šlechtěním nových odrůd - především Anglie a Kanada - věnují pozornost zlepšování zdravotního stavu s ohledem na virózy, odolnost k mšici maliníkové i zvýšení odolnosti k hospodářsky významným houbovým chorobám. Současně šlechtí na výnos a kvalitu plodů. Už na začátku 70.let minulého století byl ve šlechtění maliníku na odolnost k mšici A. idaei použit maliník západní R. occidentalis odrůda ´Cumberland´ a na začátku 80.let už do ovocnářské praxe v Anglii uvedeny odolné odrůdy s dobrým výnosem a kvalitou plodů (´Glen Isla´, ´Glen Prosen´ a ´Glen Moy´, ´Mallig Leo´). Tyto odrůdy mšice A. idaei k sání nevyhledává, a proto na ně nepřenáší viry. Uvedené odrůdy jsou třetí generací zpětného křížení s R.occidentalis ´Cumberland´.
V 90.letech, po křížení s odrůdami japonského a kanadského původu, vznikla skupina odrůd odolných vůči napadení uvedenou mšicí a současně i odolnějších nebo odolných k napadení houbou Didymella applanata, která na maliníku způsobuje odumírání výhonů. Letorosty, plodící výhony i jejich obrost nemají žádné trny. Vynikají vysokým výnosovým potenciálem. Z odrůd plodících na loňských výhonech, které byly vyšlechtěny v Anglii a Kanadě a do ovocnářské praxe uvedených na konci 90.let 20.století nebo v letech 2000 až 2002, jsou pozoruhodné především odrůdy ´Malahat´, ´Qualicum´, ´Gaia´, ´Glen Ample´, ´Julia´, ´Octavia´ a ´Tulameen´. Pro pěstitelskou veřejnost však může být dobrým sdělením, že některé z těchto odrůd už jsou přihlášeny do českých registračních zkoušek nebo školkařské firmy zcela vážně uvažují o jejich přihlášení. Tyto odrůdy by v nejbližší době mohly doplnit nebo vhodně nahradit stávající registrované odrůdy maliníku plodícího na loňských výhonech.
Odrůda ´Malahat´ má velké plody dlouze kuželovitého tvaru, barvy středně červené s výrazným leskem. Je určena pro mechanizovaný i ruční sběr. Začátek zrání plodů je raný. Odrůda ´Qualicum´ má velké, tužší plody dlouze kuželovitého tvaru a středně červené barvy. Tuhost plodů je ceněna při přepravě. Začátek zrání plodů je středně raný. Výhony mají značnou odolnost k mrazu v zimním období. Odrůda ´Gaia´ má velké, tužší plody s výraznou chutí a vůní. Tvar plodů je kuželovitý a barva tmavě červená. Začátek zrání plodů je pozdní (v Anglii v polovině července). Sklizňové období je kratší, koncentrované, odrůda se sklízí menším počtem sběrů. Odrůda ´Glen Ample´ má velké až veliké plody kuželovitého tvaru, barvy tmavě červené. Začátek zrání plodů je středně pozdní. Sklizňové období je kratší, koncentrované, odrůda se sklízí menším počtem sběrů. Pro větší velikost plodů, koncentrované zrání a vysoký výnos se výrazně rozšiřují její plochy. Odrůda ´Julia´ má velké, tužší plody s výraznou chutí a vůní. Tvar plodů je kuželovitý a barva středně červená. Začátek zrání plodů je středně pozdní. Sklizňové období, podobně jako u předchozích odrůd, je kratší, koncentrované, odrůda ´Julia´se také sklízí menším počtem sběrů. Odrůda ´Octavia´ má velké až veliké plody kuželovitého tvaru, barvy středně červené. Začátek zrání plodů je pozdní. Sklizňové období je kratší, koncentrované, sklízí se menším počtem sběrů. Odrůda ´Tulameen´ má velké, tuhé plody s výraznou chutí a vůní. Tvar plodů je kuželovitý a barva středně červená. Ve srovnání s předchozími odrůdami má delší sklizňové období. Tuhost plodů je velmi dobrou vlastností pro obchod a přepravu.
V Seznamu registrovaných odrůd maliníku zapsaných ve státní odrůdové knize je devět odrůd plodících na loňských výhonech. Jsou to - ´Canby´, ´Fertödi zamatos´, ´Gatineau´, ´Granát´, ´Lloyd George´, ´Mája´, ´Rubín bulharský´, ´Veten´, ´Zeva II´a čtyři odrůdy remontantní - ´Ada´, ´Heritage´, ´Ljulin´,´Medea´, které plodí na loňských i nových výhonech. Z praktických důvodů se u remontantních odrůd doporučuje převést je na typ pouze s jednou sklizní na nových výhonech (letorostech) v létě. Kvalitou plodů (velikost, tužší konzistence, chuť a vůně) je mezi odrůdami u nás registrovanými zajímavá odrůda ´Zeva II´, ´Granát´ a ´Fertödi zamatos´. Předností odrůdy ´Canby´ je tužší konzistence plodů a relativně vyšší odolnost výhonů k napadení houbovou chorobou D. applanata. K odrůdám s nižším počtem trnů na letorostech a plodících výhonech patří v rámci registrovaných odrůd pouze ´Canby´ a ´Fertödi zamatos´, nelze je v této vlastnosti srovnávat s beztrnnými odrůdami.
Zlepšení odrůdové skladby maliníku registrací zahraničních odrůd, které mají kratší sklizňové období, odolnost k napadení mšicí maliníkovou, viry i houbovou chorobou D. applanata, kvalitní produkce sadby, testování matečných rostlin pro produkci sadby na bylinných indikátorech nebo metodou ELISA budou velmi prospěšná opatření. Určitě se zvýší zájem o pěstování tohoto kvalitního ovoce všestranného použití. Velké rezervy jsou v pěstování, zejména v organizaci sklizně, protože zralé plody po 24 až 36 hodinách měknou a samy odpadávají od plodového lůžka. Plody se sklízejí probírkou, podle charakteru odrůdy a průběhu počasí, prakticky každý třetí den. Při sklizni stolního ovoce je nutné pečlivě třídit na kvalitní, poškozené chorobami a přezrálé. Maliny nemají být v žádném případě přesypávány ani nijak překládány z obalu do obalu. Tyto zásady platí pro zahrádky i tržní výsadby. V tržních výsadbách se doporučuje sklízet plody do malých tetrapakových nebo umělohmotných obalů o obsahu 200 až 300 g s víčky a jednoduchým uzávěrem. Při ruční sklizni mají mít sběrači krabičky ve sběračských krosnách. Nejpozději za dvě hodiny by ze zastíněného místa v malinově měly být krabičky se sklizenými plody dopraveny k prochlazení a spotřebiteli.
