Dnes je již samozřejmostí prodej prané mrkve balené v perforovaných polyetylenových sáčcích. Kořeny mrkve bez viditelných příznaků poškození jsou však často infikovány patogenními houbami, jejichž negativní vliv se projeví až po určité době uskladnění.
Pokud byla mrkev infikována houbami Chalara thielavioides a Thielaviopsis basicola, které způsobují povrchové černání kořenů, zůstávají kořeny uskladněné
při teplotách kolem 0 °C bez symptomů. Po přemístění mrkve do prostředí s vyššími teplotami příznivými pro jejich rozvoj, objeví se v krátké době (5 – 10 dnů) charakteristické příznaky napadení.
Ze vzorků prané balené mrkve (Belgie, ČR, Německo) byly z černých lézí odebrány vzorky. Při mikroskopickém vyšetření byly nalezeny bezbarvé endokonidie a černé chlamydospory Chalara thielavioides (syn.: Chalaropsis thielavioides, teleomorfa: Ceratocystis paradoxa) a Thielaviopsis basicola (syn.: Chalara elegans). Na základě makrosymptomů na kořenech mrkve však nelze tyto patogeny odlišit. K přesné determinaci je nezbytné mikroskopické vyšetření.
Vzhledem k širšímu okruhu hostitelů lze v literatuře nalézt více odkazů na houbu T. basicola, která je hostitelem 137 druhů rostlin z 12 čeledí (zejména Fabaceae, Solanacea a Cucurbitaceae). Nejčastěji jsou postiženy okrasné rostliny (sazenice v pařeništích) a zelenina (fazol keříčkový). Okruh hostitelů Ch. thielavioides zahrnuje kromě různých druhů zeleniny také mnoho okrasných rostlin, např. vánoční hvězdu, cesmínu, jalovec, růži, túji, jilm, cedr aj.
Chalara thielavioides je považována za původce značných ztrát prané balené mrkve, zejména v zahraničí (v Německu, Nizozemsku, Norsku, Kanadě, Švédsku, Švýcarsku, USA aj.). Ve Švýcarsku byla jak z hořce chutnajících kořenů mrkve (skladované i dodávané na trh v čerstvém stavu) častěji izolována Ch. thielavioides než T. basicola. V kořenech mrkve napadené Ch. thielavioides a T. basicola dochází k výraznému zvýšení obsahu isokumarinu (více než 10 mg/kg) způsobujímu hořkost.
Ch. thielavioides i T. basicola jsou považovány za půdní houby žijící na odumřelém organickém substrátu (saprofyt), které jsou schopny dlouhou dobu přežívat i bez přítomnosti hostitelských rostlin a parazitovat jen příležitostně. V půdních vzorcích se běžně vyskytují kousky mycelia, endokonidie a chlamydospory. Parazitické vlastnosti obou hub jsou však dosud podceňovány. Pokusy v zahraničí (USA) prokázaly, že tito patogeni (s velmi rychlým rozmnožovacím cyklem) mají výraznou schopnost parazitace zdravých kořenů mrkve a jako půdní saprofyti mají jen omezený význam. Na základě nových poznatků
o parazitickým vlastnostech byl v zahraničí přehodnocen momentálně platný obraz relativně nevinných ranových parazitů a T. basicola byla označena za obligátního parazita, Ch. thielavioides za pravého patogena karotky, nejen ranového parazita.
Vzhledem k vysoké perzistenci chlamydospor a zvýšenému riziku nahromadění inokula se těmto patogenům přisuzuje velký význam především v intenzivně využívaných zelinářských půdách.
Přímá ochranná opatření proti půdním patogenům jsou značně omezena. Využití fyzikálních či chemických metod desinfekce půdy v polních podmínkách není možná ani účelná. Intenzita napadení rostlin se výrazně snižuje při vyšším podílu amoniakálního dusíku (NO3 : NH4 = 1:3). Při testování odolnosti mrkve vůči Ch. thielavioides byly zjištěny mezi odrůdami značné rozdíly. Šlechtění na rezistenci je sice možné, ale v provozu nepoužitelné opatření.
Ochrana mrkve je směrována na prevenci s maximální pozorností věnovanou agrotechnice, minimalizaci mechanického poškození kořenů a optimalizaci skladovacích podmínek.
