Z motýlů je zahrnuto mezi kriticky ohrožené druhy celkem 5 taxonů, mezi silně ohrožené 8 taxonů a mezi ohrožené druhy též 8 taxonů (v několika případech celý rod). Některé druhy z toho jsou velmi vzácné, zřídkakdy se vyskytující
Na lidskou neznalost nejvíce doplácejí housenky a kukly motýlů, protože některé se často vyskytují na pěstovaných plodinách na zahrádkách. Typickým příkladem je všeobecně známý motýl otakárek fenyklový (Papilio machaon) z čeledě otakárkovitých. Překrásného dospělce zná skoro každý, ale málokdo zná jeho housenku. Ta často žije na nati mrkve, na kopru či na fenyklu a většina pěstitelů ji bezohledně ničí, i když patří mezi ohrožené druhy, tedy pokuta za zašlápnutí činí až 10 000 Kč. Zde je zajímavé i to, že mladší stadia housenek, žijící i na bršlici kozí noze, vypadají úplně jinak než dospělé housenky.
Jiným chráněným druhem jsou překrásní batolci z rodu Apatura, kteří mají přímo bizarní housenky a překrásně duhově zbarvená křídla, např. batolec duhový (A. iris), má křídla s nápadným modrofialovým leskem. Často poletuje po kvetoucích rostlinách i na zahrádkách. Housenka žije na listech jívy, kde se i kuklí.
Svého času se uvažovalo zahrnout mezi chráněné živočichy i lišaje. Avšak to se bohužel nepodařilo prosadit, i když si to tito překrásní motýli plně zaslouží. Některé druhy, jako lišaj smrtihlav (Acherontia atropos), lišaj oleandrový (Daphnis nerii), lišaj révový (Hippotion celerio), lišaj vinný (Hyles lineata), lišaj svlačcový (Agrius convolvuli), každoročně přilétají z jižní Evropy, Afriky a Asie, snadno překonávají i velehory (Alpy). Uvádí se, že uletí vzdálenost až 4500 km a dosahují rychlosti až 54 km za hodinu. Jejich nápadné housenky žijí na nejrůznějších rostlinách – na topolech, lipách, dubech, borovicích, bramborách, svlačcích a svízelech (odtud i jejich druhová česká jména) a jsou snadnou kořistí různých hmyzožravých predátorů, stejně jako dospělci. Mezi chráněné však jsou řazeni pouze lišaj dubový (Marumba quercus), vzácně se vyskytující teplomilný druh na jižní Moravě (kategorie silně ohrožených), a lišaj pryšcový (Hyles euphorbiae) (kategorie ohrožených). Avšak vzhledem k tomu, že z naší přírody postupně lišajové mizí, zasloužili by si ochranu všichni, snad s výjimkou lišaje borového, který je řazen mezi lesní škůdce.
